Lokacioni i varrit të Genghis Khan ka qenë gjithmonë një mister. Vendi i saktë nuk është gjetur kurrë.
Genghis Khan kërkoi të varrosej pa shenja apo ndonjë shenjë. Pasi ai vdiq, trupi i tij u kthye në Mongoli dhe me sa duket në vendlindjen e tij në Khitim Aimag, ku shumë mendojnë se ai është varrosur diku afër lumit Onon. Sipas dëshmive historike, 30,000 njerëz morën pjesë në nevojat e tij funerale, pas të cilave ata u vranë nga ushtria e tij. Ushtria u vra nga shoqërimi i tij, shoqërimi vrau askënd dhe çdo gjë që e kalonte rrugën e tyre, me qëllim që të fshihnin se ku ishte varrosur. Së fundi, kur ata arritën në destinacionin e tyre, ata kryen vetëvrasje. Pas përfundimit të varrit, skllevërit që e ndërtuan u masakruan dhe më pas u vranë edhe ushtarët që i vranë.
Mauzoleumi i Genghis Khan është përmendorja e tij, por jo vendi i varrimit të tij. Folklori thotë se një lumë u devijua mbi varrin e tij për ta bërë të pamundur të gjente (duke i bërë jehonë mënyrës së varrimit të mbretit sumerian Gilgamesh të Urukut ose të udhëheqësit të Visigot Alaric). Tregime të tjera tregojnë se varri i tij ishte shkelur nga shumë kuaj, atëherë pemët ishin mbjellë mbi vendin që gjithashtu luajti rolin e tij në fshehjen e varrimit.
Erdeni Tobchi (1662) pohon se arkivoli i Genghis Khan mund të ketë qenë i zbrazët kur mbërriti në Mongoli. Në mënyrë të ngjashme, Altan Tobchi (1604) pohon se në Ordos tregon një tjetër legjendë në të cilën varri u zbulua përsëri 30 vjet pas vdekjes së Genghis Khan. Sipas kësaj përrallë, një deve e re ishte varrosur me Khanin, dhe nëna e devesë u gjet më vonë duke qarë në varrin e të rinjve të saj.
Marco Polo shkruajti se, edhe në fund të shekullit të 13-të, mongolët nuk e dinin vendndodhjen e varrit. Historia Sekrete e Mongolëve ka vdekjen e vitit të vdekjes së Genghis Khan, por nuk ka informacion lidhur me varrimin e tij. Në “Udhëtimet e Marco Polo” shkruan se “ka qenë një zakon i pandryshueshëm, që të gjithë khanët e mëdhenj, dhe shefat e racës së Genghis-Khan, duhet të mbahen për t’u futur në një mal të lartë të quajtur Altaï dhe në cilado vend ku mund të ndodhë që të vdesin, megjithëse duhet të jetë në distancën e një udhëtimi prej njëqind ditësh, ata gjithsesi u përcillen aty.”
Marco Polo shkruan për vdekjen e Genghis Khan:
Por në fund të këtyre gjashtë viteve ai shkoi kundër një kështjelle të caktuar që quhej CAAJU, dhe aty u qëllua me një shigjetë në gju, kështu që ai vdiq. Një keqardhje e madhe ishte, sepse ai ishte një njeri i guximshëm dhe shumë i mençur.
– Marco Polo, Udhëtimet e Marco Polo, Libri 1, Kapitulli 50
Burime të tjera e quajnë zonën e malit Burkhan Khaldun si vendin e varrosjes (afërsisht 48.5 ° N 108.7 ° E). Zona pranë Burkhan Khaldun u quajt Ikh Khorig, apo Tabu i Madh. Kjo zonë me sipërfaqe prej 240 kilometrash katror u mbyll nga mongolët, me kalimin e të cilave dënohej me vdekje. Vetëm brenda 20 viteve të fundit, zona ka qenë e hapur për arkeologët perëndimorë.
Sipas traditës së dinastisë Yuan, pjesa e perandorisë mongole që sundoi mbi Kinën, të gjithë khansët e mëdhenj të mongolëve varroseshin rreth zonës së varrit të Genghis Khan. Emri i faqes në kinezisht ishte lugina Qinian (起 輦 谷). Megjithatë, vendndodhja konkrete e luginës nuk përmendet asnjëherë në asnjë dokument.
